Антибиотик нь нянг алж устгадаг (жишээ нь амоксациллин) эсвэл үржил хуваагдлыг саатуулдаг (жишээ нь эритромицин) эмийн бүлэг юм. Иймд зөвхөн нянгийн халдварын эмчилгээнд хэрэглэнэ. Антибиотик нь вирусын эсрэг үйлдэлгүй тул ханиадны эмчилгээнд ямар нэг үр нөлөөгүй болно. Өндөр хөгжилтэй улс орнуудад антибиотикийг зөвхөн эмчийн жороор олгодог.

Антбиотик эмчилгээ нь дараах дашрамын нөлөөтэй. Үүнд

1. Харшил
   Хүүхэд, настанд элбэг биш, ихэвчлэн залуу насныханд тохиолдоно.
2. Хордлого
   Зарим антибиотик элэг, зарим нь чих/сонсгол, зарим нь яс мөгөөрсийг хордуулах жишээтэй. Энэ нь тун, хэрэглэсэн хугацаа, бие махбодын удмын онцлог зэргээс шалтгаалдаг.
3. Антиботикт тэсвэртэй нян үүсэх
   Заалтгүй үед хэрэглэх, буруу/бага тунгаар хэрэглэх, эмчилгээг дутуу орхих, өдөрт уух тунгаа мартаж алдаг оног уух зэрэг шалтгаанаар антибиотикт тэсвэртэй нян үүснэ. Ингэснээр нянгийн халдварын  эмчилгээнд антибиотик үр дүнгүй болно. Энэ нь маш аюултай үзэгдэл бөгөөд амь насанд халтай нөхцөл байдал үүсдэг. 
4. Суулгалт
   Антибиотик нь ходоод гэдэсний замын ашигтай нянгуудын тэнцвэрийг алдагдуулсны улмаас  суулгалт үүсгэж болно. Гэхдээ энэ нь тийм ч элбэг тохиолдоод байдаггүй. Гэрээр антибиотик эмчилгээ хийлгэж буй хүүхдийн 5-10%-д л үүсдэг. Антибиотикийг олон хоногоор, хавсарч хэрэглэх тохиолдол болон хүүхэд 2 нас хүрээгүй байх нь антибиотикийн шалтгаант суулгалт үүсэх эрсдэлт хүчин зүйл болдог. Энэ нь дийлэнхдээ антибитоик эмчилгээ эхэлснээс хойш ойролцоогоор 7 хоногийн дараа үүсэх боловч эмчилгээ дууссанаас хойш 7 хоногийн дараа ч шинж тэмдэг илрэх тохиолдол бий. Олон удаа шингэн баах бөгөөд ихэвчлэн хүүхдийн биеийн байдал тийм хүнд байдаггүй. Бараг бүх антибиотик суулгалт үүсгэж болох ч клавулоны хүчилтэй амоксициллин, ципрофлоксацин зэрэг нь илүү эрсдэлтэй.
5. Мөөгөнцөр
   Мөөгөнцөр нь мөн л антибиотикийг олон хоногоор, өндөр тунгаар, хавсарч хэрэглэх тохиолдолд үүсэх бөгөөд хүүхдийн нас бага байх тусам энэ хүндрэл гарах эрсдэлтэй. Түүнчлэн дутуу төрсөн, жин бага, хавсарсан өөр эмгэгтэй бол мөөгөнцөртөх магадлалтай.
   Суулгалт болон мөөгөнцөртөх хүндрэлийг урьдчилан сэргийлэх хамгийн энгийн хэрнээ үр дүнтэй зүйл бол тараг юм. Антибиотик эмчилгээ хийлгэж байх өдрүүдэд тараг идүүлнэ гэсэн үг. Хэрвээ хүүхэд чинь тараг идэж эхлээгүй бол бифидумбактерин, профибор, линекс зэрэг пробиотикуудын аль нэгийг уулгаж болно. Ингэхдээ антибиотикоос дор хаяж 3 цагийн зайтай уулгах ёстой гэдгийг бүү мартаарай. Харин антибиотик эмчилгээтэй хамт мөөгөнцрийн эсрэг бэлдмэлийг хүүхэд бүрт өгөх шаардлага огт байхгүй.